Program sarjana di ITB terdiri dari dua tahap: tahap persiapan bersama (TPB) dan tahap sarjana. Program TPB bertujuan untuk memperkuat pengetahuan ilmiah dasar dan membangun keterampilan dasar untuk mendukung studi lebih lanjut, termasuk membangun sikap ilmiah dan kebiasaan belajar. Sedangkan, selama tahap sarjana mahasiswa dilatih dengan keterampilan pengetahuan dasar dan penting yang berkaitan dengan mikrobiologi. Secara keseluruhan, terdapat 21 modul wajib di Program Studi Mikrobiologi, 5 modul di Tahun Pertama Bersama dan 16 modul di Tahap Sarjana.